При добавлении сайта в поисковые системы нужно иметь все тексты описаний. Обычно предлагается добавить сайт сразу и в каталог - это тоже надо сделать. Рамблер'Топ100 рассматривает заявки достаточно быстро, Яндекс- до нескольких месяцев (в зависимости от тематики сайта и его ЯЦ). В крайнем случае можно написать support'у.
Добавить сайт - Яндекс, Рамблер, Апорт. Google сам находит и индексирует сайт, когда количество ссылок на него станет достаточно большим.
На регистрацию желательно подавать главную страницу сайта, на которой уже есть все ссылки на остальные страницы сайта (т.е. карта сайта). Это поможет поисковику быстро проиндексировать все содержимое (дело в том, что существуют ограничения на количество уровней индексации). Что же до внешнего вида первой страницы - можно либо потерпеть и убрать карту после инлексации, либо сделать ссылки через прозрачные изображения. Поскольку до индексации может пройти приличное время (месяцы у Google) второй способ лучше. Конечно, лучше всего отслеживать процесс индексации сайта - с помощью ведения логов и поиска по url вашего сайта.
Регистрация в поисковых системах, в Рамблер "Топ100", каталогах Яндекса и Апорта